中医将肾结石归属于“石淋”范畴，认为其根本在于体内湿热蕴结、气机不畅、血瘀阻络，兼有脾肾功能失调。治疗并非仅着眼于排出结石，更在于调理体质、恢复脏腑气化功能，实现标本兼治。在急性发作期，以通淋排石为要；在缓解期，则重在健脾补肾、清热滋阴，从根本上减少复发。
湿热蕴结型患者常表现为腰腹剧烈绞痛、小便频数短赤、尿中带血、舌红苔黄腻，治疗当以清热利湿、通淋化石为主，经典方剂如八正散，由车前子、瞿麦、滑石等组成，能有效缓解尿路刺激症状。若疼痛固定如刺、尿中夹有血块、舌质紫暗，则属气滞血瘀之证，需行气活血、化瘀通络，常以桃核承气汤合石韦散加减，促进瘀阻消散。对于久病体虚、腰膝酸软、神疲乏力、排尿无力者，多为脾肾两虚，治宜健脾益肾、温阳化气，济生肾气丸是常用之选。若见口干咽燥、头晕耳鸣、小便短少而色深，属肾阴不足，当滋阴降火、通淋化石，知柏地黄丸合二至丸可养阴清热、润燥通利。若畏寒肢冷、夜尿频多、舌淡胖，为肾阳亏虚，需温补肾阳、化气行水，金匮肾气丸能助阳化气，推动水液代谢。
在药物之外，多种中药单味药在排石中发挥独特作用。金钱草性微寒，归肝、胆、肾经，现代研究证实其能松弛输尿管平滑肌、增加尿量、抑制草酸钙结晶形成，每日用量30至60克，为通淋排石之要药。海金沙清热利湿、通淋止痛，其孢子提取物可调节尿液pH值，常与金钱草配伍，协同增强排石效果。鸡内金为鸡砂囊内壁，富含胃蛋白酶与角蛋白，能软化尿酸结石，研末冲服每日3至6克，是传统“化石要药”。三者合用，构成“三金排石汤”基础方，临床研究显示其对直径小于6毫米的结石具有显著促进排出的作用。
非药物疗法同样不可或缺。针灸通过刺激肾俞、膀胱俞、三阴交等穴位，可有效缓解绞痛、增强输尿管蠕动，电针疗法尤具优势。日常运动如跳绳、倒立、爬楼梯等，借助重力作用，有助于结石从肾下盏等不易排出部位下行。饮食调养需因结石类型而异：草酸钙结石者应避免菠菜、浓茶、巧克力等高草酸食物；尿酸结石者则需限制动物内脏、海鲜、啤酒等高嘌呤摄入。每日饮水2000至3000毫升，分次少量饮用，保持尿液清亮，是预防复发最基础也最关键的措施。
中医治疗肾结石的核心优势，在于其整体观与个体化调理。通过辨证施治，不仅促进结石排出，更改善湿热内蕴、气滞血瘀、脾肾亏虚的内在环境，使尿液代谢趋于正常，从而将复发率降低30%以上。但需明确，当结石直径超过8毫米、合并肾积水或感染时，应优先选择体外冲击波碎石或手术治疗。中医在此类情况下，是安全有效的辅助手段，必须在专业中医师指导下辨证使用，切忌自行长期服药，以免延误病情。